Даже если договор заключен с филиалом, все равно считается что он заключен с организацией. Работодателем может быть только физик либо юрик - ст. 20 ТК. Короче врут они, и это не их дело рассуждать откуда они вам чего платят. Но вы должны подходить под ст. 325., чтобы вам оплатили то, что вы хотите. Бороться по средствам инспекции труда или суда, если есть способности и тяга к сутяжеству, т.е. защите собственных прав.
Ссылка на нормативный акт полезна в исковом заявлении, но не в споре с людьми которые Вам заведомо что-то оплачивать не хотят.