Поскольку заключенным признается договор по всем существенным условиям которого стороны достигли соглашения (433 ГК) + если этого требует Закон - необходимость передать имущество.
А закон для договора на выполнение проектных работ обязывает Заказчика (759 ГК) передать задание и тех документацию Подрядчику.
Следовательно,
Срок представления по 1-му этапу уже наступает будто бы, но не все документы переданы, значит срок начала работ вообще не наступил? - срок начала работ не наступил, он наступит с момента исполнения последнего условия, указанного в п. 2.1 Договора
Ответственности за просрочку Подрядчик нести не будет, потому как Заказчик не исполнил свои обязательства по договору (п. 2.1 Договора, а именно: не полностью передал документы). Последний факт должен быть зафиксирован (акт приема-передачи).
Вопрос о незаключенности договора я бы не ставила
документы частично переданы
