2. Если на товар не установлен гарантийный срок или срок годности, требования, связанные с недостатками товара, могут быть предъявлены покупателем при условии, что недостатки проданного товара были обнаружены в разумный срок, но в пределах двух лет со дня передачи товара покупателю либо в пределах более длительного срока, когда такой срок установлен законом или договором купли-продажи. Срок для выявления недостатков товара, подлежащего перевозке или отправке по почте, исчисляется со дня доставки товара в место его назначения.

Статья 451. Изменение и расторжение договора в связи с существенным изменением обстоятельств
1. Существенное изменение обстоятельств, из которых стороны исходили при заключении договора, является основанием для его изменения или расторжения, если иное не предусмотрено договором или не вытекает из его существа.
Изменение обстоятельств признается существенным, когда они изменились настолько, что, если бы стороны могли это разумно предвидеть, договор вообще не был бы ими заключен или был бы заключен на значительно отличающихся условиях.

4. Изменение договора в связи с существенным изменением обстоятельств допускается по решению суда в исключительных случаях, когда расторжение договора противоречит общественным интересам либо повлечет для сторон ущерб, значительно превышающий затраты, необходимые для исполнения договора на измененных судом условиях.

Под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб),

Распишите конкретней по срокам.
Когда заключен договор.
Когда передали дом.
Когда выявили недостаток (подтопление).

Насколько я понимаю недостаток был выявлен в пределах 2 годичного срока для выявления недостатков товара (ст. 477). Но претензии по качеству товара в пределах этого срока заявлены не были. Т.е. покупатель лишается возможности предъявить к продавцу специальные требования, предусмотренные ст.475. Но покупатель не лишается права требования возмещения убытков на основании общих норм. Т.е. в пределах исковой давности в 3 года, начиная от момента выявления недостатка (март-май 2005 года). Как расчитываются убытки вы уже цитиривали.
Возможно будут другие мнения наших коллег.
У меня была еще идея на счет признания сделки недействительной как совершенной под влиянием обмана, но там исковая давность уже прошла (1 год с момента обнаружения недостатков).