Какие последствия фразы в договоре для Продавца?
«В случае неисполнения Покупателем обязательств по п. 3.2 (сроки оплаты) Договора, Продавец взыскивает с Покупателя пени в размере 0,05 % от суммы, не внесенной Покупателем в установленный Договором срок»
То есть, Продавец может взыскать с Покупателя 0,05 % от суммы задолженности и все, вне зависимости сколько дней прошло. Отсутствует фраза, что пени за каждый день просрочки платежа.

Если фраза отсутсвует, это еще не превращает пеню в штраф. Сказано же - пеня. Пеня исчисляется только за каждый день просрочки как нарастающая сумма. К сожалению ГК не прописал понятия пени и штрафа, но это ничего в принципе не меняет.

А почему за день-то? Может за неделю, за месяц, за квартал?

получается, что это штрафная неустойка обозванная пеней!:)

Логика соглашается с Butcher'ом, легального определения пени в ГК, вроде бы, нет,
но что-то подсказывает, что прав Tindal.
Надо практику посмотреть: вроде бы было что-то по этому вопросу.

Склоняюсь, что это будет признано судом как штраф. Но у вас имеется другое средство защиты - ст. 395 ГК

Ну эта мысль вообще первой приходит, так как это - денежное обязательство, да и со взысканием, скорее всего, проще будет.
Но только - 395 = 11%, а здесь речь может идти про 19%, но с учетом, естественно 333.

Согласен, что по 395 ГК меньше, чем если бы "0,05% от суммы за каждый день просрочки", но по 395 суды редко уменьшают сумму санкций по 333, чем если бы применялась договорна неустойка.