В ПТС должны быть указаны все собственники и если собственник не торгующая организация, то обязательна постановка на учет в ГИБДД. Следовательно, постановка на учет в Москве обязательна. Иначе на поставят на учет в регионе.

Как вариант, для снятия с учета ТС можно не гонять, а написать письмо в ГИБДД о том, что ТС находится в другом регионе и у него не исправна, например, тормозная система (т.е. перегон в регион для снятия с учета не возможен). Тогда ГИБДДшники региона в котором находится ТС осмотрят ТС и дадут заключение о том что ТС можно снимать с учета. С письмом ГИБДДДшников, номерами, ПТСом, свидетельством о постановке на учет и прочими доками можно ехать в регион, где ТС стоит на учете, там ГИБДД оформит доки для снятия ТС с учета без осмотра ТС.