Не знаю как сейчас, а пару лет назад нашей замечательной (НЕмосковской) налоговой было глубоко до фени, что у вас там в уставе написано. Их позиция была такая: есть рабочие места в другом районе (чтоб к др. налоговой относились) - региструйте филиал, но только в налоговой, остальное их не интересовало, в учредительные ни разу не заглядывали. Они это называли "создание филиала по наличию рабочих мест". Главное сдавать там налогову отчетность, подписанную ген. директором и глав. бухом основной организации.
Мы после недолгих совещаний решили, что при таком раскладе вносить филиалы в устав как бы вообще резона нет, можно просто доверку выдать кому-нибудь на подписание договоров и пр. (если уж очень надо) и не мучиться, и никаких тебе положений о филиале о прочей мути. Какие неблагоприятные последствия из этого могут получиться, мы так и не придумали.