Любые несогласованные отступления подрядчика от требований, предусмотренных в технической документации и СНиП, влекут за собой ухудшение качества результата работ и это презюмируется законом (абз.1 п.1 ст.754 ГК РФ), обратное должен доказать подрядчик (п.2 ст.754 ГК РФ). Это означает, что за работу, выполненную с отступлениями от требований, предусмотренных в технической документации и СНиП (тем более за такую, которую вы указали), платить не нужно, т.к. ст.ст.746, 711 ГК РФ предусмотрено, что оплате подлежит только надлежащим образом выполненная работа.
П.3 ст.715 ГК РФ предоставляет заказчику право на односторонний отказ от договора подряда лишь в случае, когда подрядчиком неисполнено требование об устранении недостатков в разумный срок.
Не могу сказать, что Постановление ФАС Московского округа от 29.09.2010 № КГ-А40/10968-10 по делу N А40-102917/09-49-493 может считаться определяющим, т.к. такое применение п.3 ст.715 ГК РФ нарушает право подрядчика на исправление своих недостатков в разумный срок.
Можно также расторгнуть договор в судебном порядке (подп.1 п.2 ст.450, п.2 ст.452, п.5 ст.453 ГК РФ). Поэтому следует рассчитать, какие сроки будут для вас наиболее быстрыми: ждать пока подрядчик не устранит недостатки в разумный срок и только затем отказаться от договора в одностороннем порядке (п.3 ст.715 ГК РФ) или сразу обратиться в суд с требованием о расторжении договора (подп.1 п.2 ст.450 ГК РФ).
Нужно также посмотреть договорные условия о праве заказчика на односторонний отказ от договора, для случая, когда работа выполняется с отступлениями от технической документации и СНиП (ст.310, п.3 ст.450 ГК РФ), не прибегая к использованию права, предусмотренного п.3 ст.715 ГК РФ. Правда, такие условия можно встретить лишь в квалифицированных договорах подряда.