вроде бы если общая стена есть, но в ней нет сквозного прохода - объекты все-таки разные
но если считают по-другому, почему бы не зарегить общую долевую сразу с соглашением о рапределением долей в натуре + соглашение о порядке пользования можно написать
тогда потом разделить или быстрее выйдет, или может не понадобиться

Разрешение на строительство выдавалось или объекты не подподают?

БТИ не выдает технические паспорта на построенные дома, как Вы говорите, в связи с нарушением СНИПов. Если они действительно нарушены, то данные дома являются самовольными постройками (п. 1 ст. 222 ГК). Право собственности на них не может возникнуть, они подлежат сносу.
НО их можно постараться легализовать путем объединения з/у. тогда можно будет зарегистрировать уже один дом, находящийся в долевой собственности.

Может проще к БТИ обратиться с просьбой переделать бесплатно паспорта (поскольку вы заказали услуг по подготовке тех паспорта и БТИ как специалисты должны были еще до подачи документов на регистрацию понять, что делать паспорта на два дома не правильно, вы из-за них понесли убытки, в виде пошлины на регистрацию, и вообще они не качественно оказали услугу, и обязаны исправить все за свой счет) на 2 части жилого дома, тех паспорт на часть жилого дома (1) и тех паспорт на часть жилого дома (2), при этом советую, чтоб БТИ использовало форму тех паспорта на дом и форму кад паспорта на здание! ни в коем случае на жилое помещение, иначе никогда не зарегистрируете право собственности на з/уч (ибо ЗК говорит об исключительном праве приватизации собственников зданий, а не жилых помещений).
Совет про долевку очень дельный, но по времени получится, что вам зарегят сначала права на дом в долевой собственности, потом все равно придется выделять отдельные объекты и опять идти в бти за отдельными паспортами.

ЗЫ. Советую как юрист, которая работала в БТИ и видела кучу таких идиотских случаев.

Спасибо за совет! Но есть одна большая проблема - эти арендаторы не хотят чтобы в их документах фигурировала часть одного жилого дома. Они хотят, получить документы на 2 дома. Или это не реально?
В БТИ была написана претензия с требованиями устранить допущенные ими ошибки и выдать другие паспорта. Но БТИ тянет с официальным реагированием на претензию. А в неформальном общении предложили (Сказали что так будет проще) установить ПС через суд.

БТИ не выдаст паспорта на два дома, так как по какому-то СНИПу (не помню реквизиты) расстояние между двумя домами д.б. обязательно (20 - 40 см). У Вас его нет. Попробуйте зарегистристрировать ваши дома как две "квартиры", либо как два "помещения", это БТИ делает легко(у меня такая ситуация лично была, в результате есть свидетельство о ПС на квартиру). От количества земельных участков это не зависит. В конце получите два самостоятельных объекта. У этого результата тоже есть минусы (например, в вопросах подключения электричества к "дому"), но, с моей стороны, это на порядок лучше долевой собственности.

БТИ не выдаст паспорта на два дома, так как по какому-то СНИПу (не помню реквизиты) расстояние между двумя домами д.б. обязательно (20 - 40 см). У Вас его нет. Попробуйте зарегистристрировать ваши дома как две "квартиры", либо как два "помещения", это БТИ делает легко(у меня такая ситуация лично была, в результате есть свидетельство о ПС на квартиру). От количества земельных участков это не зависит. В конце получите два самостоятельных объекта. У этого результата тоже есть минусы (например, в вопросах подключения электричества к "дому"), но, с моей стороны, это на порядок лучше долевой собственности.

Как вариант, забрать документы с регистрации права, анулировать кадастровый учёт объектов недвижимости, произведенный БТИ. После чего обратиться к кадастровому инженеру, который заново поставит на кадастровый учёт объекты недвижимости, что позволит повторно обратиться в Росреестр за регистрацией права, минуя БТИ)...

При этом, здания не могут быть построены в пределах трехметровой зоны до границ з/у (СНиП и противопожарные правила).

А можно увидеть эти снип и ППП, а то люди суды проигрывают против зданий которые стоят прямо по границе ЗУ.