Мое мнение - одобрять нужно.

В фз говорится о том, что уставом распространяется порядок одобрения крупной сделки. а порядок определен ст. 79, которая включает в том числе указание на то, что дожно содержаться в решение об одобрении. не думаю в решении об утверждении лимитов у вас все это есть.
так что лучше все таки подправить устав

Лимиты - лимитами, сделки - другое. Одобрение лимитов не есть априори одобрение всего, что сделано в пределах данных лимитов.

Есть корпоративная практика, когда СД не одобряет конкретную сделку, а устанавливает некоторые лимиты одобрений. Например, указано в уставе, что СД одобряет сделки с недвижимым имуществом, а СД принимает концептуальное решение (или утверждает какое-либо положение) о том, что одобряются только сделки с недвижимостью свыше такой-то суммы. На меньшую сумму -фактически являются одобрены автоматом.
Не могу сказать, что приветсвую такой подход, но на практике он работает.
Не понятно при чем тут "крупные сделки". Речь как я вижу идет о сделках на значительные суммы, а вот являются ли они крупными (или к ним применяется порядок одобрения крупных сделок) отношения к вопросу не имеют.
Полагаю, для того, чтобы сделки не одобрялись в пределах лимитов заимствований подобное указание должно быть недвусмысленно отражено как минимум в решении СД, лучше - в каком-нибудь положении об одобрении сделок, в идеале - в уставе.

Видимо, надо каждую сделку одобрять. Лимиты - лимитами, сделки - другое. Одобрение лимитов не есть априори одобрение всего, что сделано в пределах данных лимитов. действительно, в решении об одобрении лимитов не будет условий конкретной сделки, а закон и написан с тем расчетом, чтобы каждый договор проходил фильтр органа управления.