мы практиковали первым вопросом утверждение УД в новой редакции. Перерыв в собрании для подсчета голосов и объявления итогов голосования по этому вопосу. Если все ОК, то голосование по избранию СД в соответствии с нормами новых УД.

эээээ.... у меня другое мнение.
Когда Вы рассылаете приглашения акционерам на собрание, Вы указываете повестку дня. на собрании вы можете рассмотреть только то, что было внесено в повестку. с т.зр. логики как Вы можете вносить в повестку дня при подготовке собрания решение об избрании органа, существование которого не предусмотрено Вашим же уставом? а кандидатуры куда Вы будете выдвигать? в несуществующий орган?

Логика такая же, как при попытке совместить в одном флаконе собрание о внесении изменений в устав про объявленные акции и на том же собрании принять решение об их размещении. Нельзя разместить / избрать то, чего нет в уставе в принципе.

Постановление Федеральной комиссии по рынку ценных бумаг от 31 мая 2002 г. N 17/пс "Об утверждении Положения о дополнительных требованиях к порядку подготовки, созыва и проведения общего собрания акционеров"

4.10. Лица, зарегистрировавшиеся для участия в общем собрании, проводимом в форме собрания, вправе голосовать по всем вопросам повестки дня с момента открытия общего собрания и до его закрытия, а в случае, если в соответствии с уставом общества, внутренним документом общества, регулирующим деятельность общего собрания, или решением общего собрания, определяющим порядок ведения общего собрания, итоги голосования и решения, принятые общим собранием, оглашаются на общем собрании, - с момента открытия общего собрания и до момента начала подсчета голосов по вопросам повестки дня общего собрания. Данное правило не распространяется на голосование по вопросу о порядке ведения общего собрания.
После завершения обсуждения последнего вопроса повестки дня общего собрания (последнего вопроса повестки дня общего собрания, по которому имеется кворум), и до закрытия общего собрания (начала подсчета голосов), лицам, не проголосовавшим до этого момента, должно быть предоставлено время для голосования.

Спасибо за ссылку на 17/пс. Если быстро читать, то можно и оставить без внимания.
В таком случае мне видится такой вариант. Третьим вопросом идет изменение количественного состава Совета директоров. После по четвертому вопросу два бюллетеня, оба заполняются акционерами. На каждом бюллетене указывается в каком случае каждый из них подлежит подсчету. А подсчет самих голосов происходит после голосования по всем вопросам.
Какие видите основания для оспаривания собрания?

Вы про СД или ГД?
Если ГД, то избрать адекватный СД и передавать полномочия по избранию ГД Совету директоров.