Вот мне тоже так показалось из первого прочтения

Но автор, по всей видимости, имел в виду две разные формы реорганизации (1 - присоединение, 2 - слияние), так ведь?
Если так, то принципиальных отличий быть не должно, исходя из смысла ст. 17.1 закона о недрах. Единственное - при присоединении (т.е. в первом варианте), компания 2 должна отвечать требованиям, предъявляемым к ней как к будущему владельцу лицензии (есть в той же статье 17.1), поэтому вариант со слиянием (т.е. второй) выглядит в этом плане проще.