По-моему, однозначно в порядке гл.25 ГПК РФ (если Ваше физ. лицо – не ИП, иначе – гл. 24 АПК).
Исходя из самого наименования организации - Федеральное гос. учреждение "Палата по патентным спорам Федеральной службы по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам" уже следует ее принадлежность к органу государственной власти, а именно к Федеральному органу испол.власти по ИС РФ, коим является Роспатент. Во-вторых, в самом Уставе ППС прописано, что она находится в ведении Роспатента.
Но главное основание – то, что Решение Палаты по патентным спорам утверждается руководителем федерального органа исполнительной власти по интеллектуальной собственности и вступает в силу с даты утверждения (ст. 29 Патентного закона). Т.е. само по себе решение ППС, не утвержденное Роспатентом, и обжаловано быть не может, поскольку юридически не существует. Таким образом, подачей заявления о признании недействительным Решения ППС, по сути, оспаривается решение самого гос. органа – Роспатента, его утвердившего.
По практике арбитражных судов - когда оспаривают Решения ППС Роспатента, иногда в качестве ответчиков выступают и ППС, и сам Роспатент. Если уж очень сильно сомневаетесь –можете тоже двух ответчиков указать, хуже не будет

.