Вопрос 1: Насколько такое соглашение может работать?
- может работать. может и не работать. Смотря что там пропишете, а у вас там, как я понимаю, пока ничего хорошего.
Вопрос 2: В какой форме должно в принципе быть оформлено намерение, чтобы быть действительно работающим? Я так понимаю, что речь идет либо о договоре простого товарищества, либо какой-то непоименованный договор.
- не думаю, что стоит так осложнять. Просто договор о совместном участии в создании и приобретении прав на ОИС.
ООО Вася и Ко предоставляет наработки и гения Жору, ООО Петя и Ко- бабло + супернавороченную лабораторию.
Все права - у Васи и Пети, как скромных физиков. Что то типа того

Вопрос 3: как этот результат регистрируется?
- что значит как? Если кем - то Роспатентом. Если сколько - то смотря что.
В предлагаемом мне варианте цели и непосредственно процесс совместной деятельности обозначены весьма асбтрактно. Как минимум, не прописаны порядок осуществления совместных работ, порядок пользования результатом. -
А вот это хреново. Нет, собственно, предмета договора.