Была такая ситуация, сделка была совершена до вступления в силу изменений, но был получен отказ в регистрации.
Основываясь на одном из писем ФНС (от 25 июня 2009 г. N МН-22-6/511)
«7. Внесение в ЕГРЮЛ изменений, касающихся перехода доли или части доли в уставном капитале общества на основании сделок, заключенных до 1 июля 2009 г., осуществляется регистрирующими органами на основании:
заявления о внесении в ЕГРЮЛ соответствующих изменений, подписанного лицом, отчуждающим долю или часть доли, а также их приобретателем;
копии договора или иного выражающего содержание односторонней сделки и подтверждающего основание перехода доли или части доли документа, заверенного обществом, переход доли или части доли в уставном капитале которого состоялся на основании указанного документа.»
пытались зарегистрировать изменения, но всё равно получили отказ (наверное, дабы не создавать лазейки - мол зачем регистрировать по новому закону, сделаем договор задним числом и ….). В результате пришлось изобретать велосипед и реструктуризировать сделку
)) (но это уже отдельная история).
Так что, если нужно зарегистрировать именно переход доли на основании сделки совершенной до вступления в силу изменения, то, наверное, лучше в Суд.