Если искать логику. то надо в том числе сравнить ООО и АО. И получается по-разному
В АО акции присоединяющего общества могут и не погашаться при присоединении. Они станут казначейскими. В ООО такого не предусмотрели. Там регулирование жесткое.
Логика может быть в том, что у долей нет специального порядка выпуска. И нет необходимости предусматривать, что доля сохранится при присоединении по каким-то причинам.
У акций же есть процедура эмиссии. И, например, конвертировать казначейские акции при присоединении проще, чем делать допвыпуск.