я думаю, что 94-ФЗ все-таки распространяется на этот случай,
во-первых, в сделке участвует гос.имущество, во-вторых, т.к. в результате в новом объекте появляется гос.доля, этот проект реализуется, в т.ч. и для гос.нужд.(п.2. ст. 1 94-ФЗ)
Застройщиком же быть интереснее, чем Инвестором, т.к. не просто ждешь когде тебе твои деньги вернуться в виде кв.м., а можешь реально влиять на ситуацию.
еще можно посмотреть на сайте
http://www.msk.rosim.ru порядок и регламент работы ТУ по определению условий конкурсов и инвестдоговоров при вовлечении в хозоборот фед. недвиж. имущества